Switch版「十三機兵防衛圏」（PS4版と同じ）をクリアしましたが、難解な物語設定のためここに概要をまとめていきます。
混乱を引き起こす原因
「十三機兵防衛圏」において混乱を引き起こす大きな要因は筆者が思うに下記のことが挙げられます（他にもまだまだありますが…）。
・登場人物の多さ
・言動の不一致性
・タイムトラベル（？）
・ループ（？）
そしてこれらが交錯することによって物語の整理、考察が難しくなっています。
筆者もプレイ中にはすべての理解が追い付かず「究明編（ミステリーファイル）」によって補完したため、ここに自分用でもありまとめておきます。
物語の舞台（時代／場所）
物語の舞台は、人類が滅亡した2188年から2000万年後…すなわち《遥か未来》のお話。
そして、主人公たちがいる場所は「RS13アルファ惑星」と呼ばれる地球からおとめ座方面に1200光年（距離）離れた地球似の惑星です《ミステリーファイル249》。
そもそも…
そして…
さらに、運んだ遺伝子情報（DNA）から生み出す、新しい惑星で0から生きていくクローン（人間）たちに対して、「人類は文化や知識の継承があってこそ人類足りえる」と考えた2188年の鞍部玉緒博士（120歳）。
彼女はこの考えを基に、新天地（新たな惑星）にクローンを降り立たせる前に、20年間にわたり仮想空間で教育（クローニング）を行うことと、その場所となる【保育器（ポッド）】を考案しています《ミステリーファイル032》。
すなわち…
2188年から2000万年後、宇宙を漂った「探査機」が「RS13アルファ惑星」に辿り着き、テラフォーミング（…惑星の環境を改造し、人類が生存可能な状態にすること）が完了。
そののち、「探査機」で運んだ遺伝子情報（DNA）から生み出されたクローンたちの（2188年の鞍部玉緒の考えに基づいた）【保育器（ポッド）】内での教育期間中の出来事…計画された20年中の17年目（16歳の主人公たち）が、プレイヤーが見ていた世界／物語というわけです。
そして彼らが生活しているのが「（教育という目的のために）人の手で作られた世界」だからこそ、地球（存在した時代）で暮らしているようなリアルな体験でありながらも、年代別の空間（セクター）として区切られた、いわば”部屋”…直径30kmの範囲、世界の端（制限）があったということ。
ちなみに、テラフォーミングの研究を行ったのは2188年の如月兎美で、テラフォーミングを含む『箱舟計画』の第二段階の設計者であることから、システムの上級管理者権限を保持しています。
適合者とは…／15人とは…
『箱舟計画』において未来に運ばれた遺伝子情報（DNA）は、《2188年の記録上人類最後の15人》と呼ばれる人物たち。
彼らの遺伝子情報（DNA）を元に誕生したクローンである”15人”は「適合者」と呼ばれ「ゲート（転移）や機兵、中枢を操作できる資質を持つ者」とされています《ミステリーファイル076》。
実際のところ本作は「”13人”の主人公」と大々的にアピールされ、”13人”分の章立てで展開されていることからも「”13人”の物語」という印象がある中で、作中で語られる世界を滅ぼす”D（ダイモス…怪獣）”を呼び寄せる「”15人（十五人）”の少年少女」というワード、数字の不一致によって混乱を招いているかもしれません。
では…
「”13人”の主人公の物語」でありながらも、残る2人（沖野司と鞍部玉緒）の「適合者」としての存在（働き）の重要性や、（主人公扱いではない理由だと思われる）機兵に乗らない／乗れない理由は作中で明かされています。
セクターと移動可能な年代は…
『箱舟計画』における”保育器（ポッド）”での教育体験（生活体験）は「セクター」と呼ばれる仮想居住区（居住施設）を使って行われています。
この「セクター」の設計者が技師である2188年の三浦慶太郎です。
そしてクローン教育の計画立案にて「”どの時代”から生まれる精神が最も望ましいのか／”どの時代”を体験させるのが良いのか」ということへの結論が出せなかったことから、候補に挙がった年代別の居住区…5つの年代（セクター）が作られ（再現され）、主人公たち「適合者」の”15人”が分散された状態で生活して（教育を受けて）います《ミステリーファイル177》。
”15人”の元（オリジナル）である2188年の人物たちの姿／年齢はバラバラですが、現在の姿は遺伝子情報（DNA）によるクローン誕生＝教育のスタートが（ほぼ）同じため、全員が（学年は違えど）16歳となっています。
そんな彼らが生活するセクターは40年間隔で、それぞれに教育期間である”20年（分）”が準備されており、2188年に（年代が）近い方から順に番号が付いています。
配置は真ん中にある「セクター0」と呼ばれるデータ保存領域（居住区ではない）とだけ繋がっており、居住セクター同士は独立した状態です（転移でのみ移動するのはそのため）。
セクター1：2089年-2109年
配置適合者：十郎、冬坂、沖野
セクター2：2049年-2069年
配置適合者：関ヶ原、東雲、郷登
セクター3：2009年-2029年
配置適合者：薬師寺、網口、如月
セクター4：1969年-1989年
配置適合者：南、鷹宮、緒方
セクター5：1929年-1949年
配置適合者：三浦、比治山、玉緒
すなわち…
作中で情報が開示されていないうちは、突然転移し（強制的に転送されて）時代が変わることに対して「別次元／未来／過去（から来た）」というタイムトラベルを想像させるものですが、実際は並行に進行中の5つの仮想空間（施設という名の部屋）を個人が横移動していたに過ぎないのです。
ゲーム本編は1969年から始まっている「セクター4」を中心に進行しており、「セクター4（1969年）」の（16年～）17年目＝”1985年”が多く登場しますが、他のセクターも同様の歳月が経過しています。
そのため、「1985年（セクター4）」から移動した（飛んだ）先も各セクターの（16年～）17年目である「2105年（セクター1）」「2065年（セクター2）」「2025年（セクター3）」「1945年（セクター5）」となっているわけです（回想も含むため1年前の表記の場合もあります）。
転移が起きた（起こした）際に常に「40年」単位で飛ぶのはこの並行進行の概念によるものです。
作中ではほぼ描かれていませんが「適合者」は（15歳～）16歳までは（一部意図的に移動させられながらも）それぞれ振り分けられたセクター（時代）で過ごしていたことになります。
世界（セクター）が崩壊してしまう理由
そんな計画における20年間の教育が予定通りに進まない原因…
その状態で『箱舟計画』遂行のもと出発した「探査機」は、クローンたちの教育期間中である16年目ごろからセクターに”怪獣（ダイモス）”が呼び起こされるようになり、襲撃を受けた結果、世界（セクター）が順に崩壊していってしまいます。
これにより『箱舟計画』の最終工程（適合者15人が20年の教育を経て、新たな惑星に降り立つ）が完了出来ず、「怪獣に全セクターの中枢が制圧されると世界が自動的に作り直される（リセット）」という探査機の仕様を繰り返しています。
作中ではこの半強制的な動きが「ループ」と呼ばれ、本編時点で詳細は不明ながらも、（施設の耐用年数から）少なくとも300回程度は「ループ」が行われているとされています《ミステリーファイル078》。
ちなみに…リセットによって「ループ」しているのは、教育を行っている仮想空間（施設世界）上のことであり、現実世界は相応の時間が経過しています（実世界がループしているわけではありません）。
すなわち「RS13アルファ惑星」に辿り着いてから既に4800年（16歳×300回）ほどは経過しているということが言えます。
ループを認識している？人
世界は”怪獣（ダイモス）”の襲撃によって”リセットのちループ”を繰り返しており、その度に生まれ変わる主人公たちは（当然）今回（のループ）の記憶しか持ち合わせていません（プレイヤーもその認識で物語を見届けています）。
しかし一部の人物において、1周前／2周前のループでの出来事が描かれることで今回（のループ）の物語が混乱しやすくなっています。
そこで疑問をひとつ。
それにより、リセットの影響を受けなかった（データとして残った）存在として、「和泉十郎（426・柴久太・しっぽ）」「森村千尋（先生）」「井田鉄也」「BJ（三浦慶太郎）」「因幡深雪（如月兎美）」などが今回のループでも登場&活躍しています。
彼らの1周前／2周前のループ時の記憶（記録）や、データが乗り移ったドロイド（AI）が今回のループ（本編）に介入し、本人とあわせて登場（存在）してしまっているため、「同じ人物が複数人いる？」という混乱する状況が生れているわけです。十郎に至ってはタイミングや人によって姿を変えてまでいるので余計に分かりずらいと思います。
★「十三機兵防衛圏」の謎／300回目（最後）のループに居る人物一覧（まとめ＆考察）
★「十三機兵防衛圏」の謎／鞍部十郎と和泉十郎（解説＆考察）（↓）
★「十三機兵防衛圏」の謎／冬坂五百里や森村千尋（解説＆考察）（↓）
ちなみに…「適合者」となりえるのは今回のループにおけるクローンのみとされており、以前のループ者（のデータ）は「適合者」にはなれません＝「元適合者」という存在になっています《ミステリーファイル076》。
上記における、リセットを回避しループを超越した彼らがいた（彼らの記録／記憶があった）からこそ、”怪獣（ダイモス）”を倒し、壮大な『箱舟計画』が完遂するわけですが、彼らが今回のループにおいてあくまでも”協力者や導くもの”としての存在、機兵に乗らない（乗れない）のはそのため（「適合者」ではなくなっているため）です。
★年代と年齢早見表／混乱しそうなところまとめ（↓）
言動の不一致性？
今回のループにおける15人の「適合者」は、2188年の年齢／役職／立場など様々な人物たちの遺伝子情報（DNA）を持った”クローン”です。
★クローンの元となった2188年の15人まとめ（↓）
そして、遺伝子情報（DNA）＝完璧な同一人物ではないため、オリジナルの人物から趣味や嗜好など一部引き継がれた（遺伝した）要素があるといった程度に過ぎないのです。それは1周前、2周前（描かれてはいませんが全ての周回）の人物（クローン）にも言えることです。
すなわち、2188年の実在した人物と各周のクローンは、遺伝子情報が同じとはいえ性格など形成する要素が変動する可能性が大いにあるわけで、なによりも”歩む人生（目的）が異なっている”ことから言動が一致しないのは当然だと言えます。
クローンたちが（誕生のタイミングで）同一年齢であること、配置された時代（セクター）の違い、転移における出会いなど、今周（のループ）は特にハプニングを含めた偶然の接点によって「適合者」たちの運命が交錯しています。
それらを象徴するように、交わるはずのなかった人間関係（主に好意の対象）が生み出されることに始まり、2188年から関係性が変わるのも、逆に遺伝として本能的に変わらない（と解釈できる）カップリングがあるのも印象的です。
★「十三機兵防衛圏」のカップリングまとめ（解説＆考察）（↓）
関連記事
★年代と年齢早見表／混乱しそうなところまとめ（↓）
★「十三機兵防衛圏」の謎／鞍部十郎と和泉十郎（解説＆考察）-その①（↓）
★「十三機兵防衛圏」の謎／鞍部十郎と和泉十郎（解説＆考察）-その②（↓）
★「十三機兵防衛圏」の謎／冬坂五百里や森村千尋（解説＆考察）（↓）
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